Ülikooli teisel kursusel, 1940. aasta alguses kutsuti Lotman sõjaväeteenistusse. "Mitte-memuaarides" meenutab Lotman sõjaeelseid hetki:
Kohe teise kursuse alul kutsuti mind välja sõjakomissariaati ja tehti teatavaks, et lähimate nädalate jooksul võetakse mind sõjaväkke. Ma kiirustasin ette sooritama kõiki teise kursuse eksameid (siis tundus see uskumatu rumalusena, aga hiljem, kui ma tagasi tulin, osutus imelikul kombel vägagi kasulikuks).
Viimaks sain käsu ilmuda sõjakomissariaati. Kõik tundus väga lihtne ja proosaline. Kõik teadsid, et sõda on tulemas, kuid püüdsid kuidagi palavikuliselt sellele mitte mõelda. Kõik, vähemalt minu ringkonnas, lõbutsesid vahetpidamata, aga kinodes jooksis film Homme sõda kui on (1938) ja kõik laulsid samanimelist laulu. […] Film lõppes võidupeoga pärast sõda: ekraanilt vaatasid meid populaarsed näitlejad (ekraanisõjas jäid nad loomulikult kõik ellu) ja nende selja taga lõõmas võidusaluut. Niisugune paistis meile sõda. Niisugune ja mitte niisugune. Me kõik olime lugenud Remarque’i Läänerindel muutuseta ning Hemingway Jumalaga, relvad! ja olime küllalt palju kuulnud ning rääkinud maailmarevolutsioonist ja saabuvast uuest maailmasõjast. Ja kuidagi püüdlikult selle kõik unustanud.
Lotman teenis sidemehena Nõukogude armee 437. suurtükiväepolgu koosseisus. Teise maailmasõja keerisesse sattus Lotman 1941. aasta alguses.
Lotman meenutab 1985. aastal Tartu Riikliku Ülikooli ajalehes sidemehe tööd lahingus:
Sidemeestel oli lahingute ajal eriti kibe. Meie torud tulistasid tavaliselt 3—7 km kaugusel eesliinist, kui ei olnud tegemist otsesihtimisega vaenlase läbimurde või tankirünnaku tõrjumiseks. Vaatluspunktid olid aga otse eesliinil. Sidemeeste ülesanne oli tagada kindel telefoniside vaatlejate ja patareide vahel — sellest olenes ju tule täpsus. Kui side oli olemas, oli kõik hästi. Kui side katkes, tuli see viivitamatult taastada, vaatamata vaenlase suurtüki- ja kuulipildujatulele, Liinide paikamine oli eriti ebamugav talvel. Käed kohmetasid pakases, kuid kinnastega töötada ei saanud, Pealegi hakkas jääkülm noatera, millega traate puhastasime, vastikult sõrmede külge. Nii et ebameeldivusi oli palju.
“Mitte-memuaarides” ta lisab:
[P]atarei telefonist — aga see ma just olin — [on] alati jalamees. Kuni ta oma kaablirulli lahti või kokku kerib, jõuavad autod või traktorid pealetungi korral ette, või veel ebameeldivamal juhul, taganemisel tagasi. Vinnanud endale selga aparaadi ja poolid (meie praktikas kaks pooli, kumbki kaheksa kilo), tuleb telefonistil jalgsi omasid taga ajada ja leida neid selles segaduses, mis tekib armee öisel ümberpaiknemisel.
Teise maailmasõja lõpetas Lotman Saksamaal:
Meie polk [..] lõpetas sõja kaks päeva enne selle ametlikku lõppu, kohtudes Oderil ameeriklastega. […] Saabus õhtu ja järsku taipasime ootamatult, et sõda on l’bi. See oli kummaline — ei oska leida täpsemat väljendit. Tõenäoliselt tunneb end nii vastsündinu pärast ilmaletulekut — harjunud olukord sai otsa, aga ta ei tea, mida nüüd edasi teha. (“Mitte-memuaarid”)
Teenete eest lahinguis autasustatakse teda «Punase tähe» (22.03.1945) ja «Isamaasõja II järgu» (19.95.1945) ordenitega ning kuue lahingumedaliga.
Vaata lisaks:
